本願寺日高別院(浄土真宗本願寺派）は天文9年（1540年）に亀山城主であった湯川直光によって吉原（現美浜町吉原）に建立された。これが吉原坊舎と称された。 後の天正13年（1585年）に豊臣秀吉の進攻によって吉原坊舎は焼かれ、湯川一族は本尊を持って熊野に逃れるが翌年には日高に戻り 薗浦の椿原に仮堂「薗坊舎」を建てられた。
文禄4年（1595年）紀伊国主浅野家重臣・佐竹伊賀守の尽力によって薗浦と島村の荒野を開き、薗坊舎を移し日高坊舎を建立した。 これが現在の日高別院です。以来「御坊さん」と呼ばれ、御坊市の名の起源となった。文政8年（1825年）に現在の本堂が再建され、 1877年（明治１０年）本山より本願寺日高別院の称号をうけ現在に及んでいる。また、境内には県の天然記念物に指定された樹齢400年あまりのイチョウの巨木が今もそびえている。

また、日高別院を中心とする御坊の町並みは、西町・中町・東町に分かれ、明治・大正時代に商業の町として栄えた建物が残っています。特に東町には現在でも土蔵屋敷が多く残り、近世の街並みを今に残しています。